با پیگیری‌ و شکایت این سازمان، مصوبه وزرای عضو شورای هماهنگی مناطق آزاد تجاری – صنعتی  و ویژه اقتصادی در خصوص الحاق بخش‌هایی از منابع طبیعی به منطقه آزاد انزلی ابطال شد.
به گزارش روابط عمومی سازمان بازرسی کل کشور، دیوان عدالت اداری در جلسه هفته گذشته (28-10-95) خود، شکایت سازمان بازرسی کل کشور نسبت به مصوبه شماره 72392 مورخ 29-6-93 وزرای عضو شورای هماهنگی مناطق آزاد تجاری ـ صنعتی و ویژه اقتصادی را بررسی و به‌اتفاق آراء در جهت حفظ محیط زیست با تأیید نظر سازمان بازرسی کل کشور مصوبه مذکور را ابطال کرد.
بر اساس مصوبه مذکور، بخش‌هایی از مجموعه تالاب انزلی بین‌المللی ثبت شده در کنوانسیون رامسر، سایت و همچنین پارک ملی بوجاق در شرق آن، با بخش‌هایی از محدوده منطقه آزاد انزلی تداخل دارد که به محدوده منطقه آزاد الحاق گردیده و توسعه یافته است. از آنجا که این الحاق خارج از اختیارات وزرای مذکور بوده و تصمیم‌گیری آن به عهده شورای عالی حفاظت محیط زیست می‌باشد، لذا به‌منظور حفظ تالاب انزلی و پارک ملی بوجاق از تصرف و تخریب و همچنین حفظ محیط زیست، سازمان بازرسی کل کشور به موضوع وارد شد و درخواست ابطال آن را در دیوان عدالت اداری مطرح کرد که دیوان عدالت اداری نیز نظر این سازمان را تأیید نمود.